Von 1949 bis 1962 arbeitet er mit seiner Frau Monika als freier Architekt, beschäftigt sich jedoch nebenbei weiterhin intensiv mit Malerei. Gemeinsam mit Willi Baumeister, Rolf Cavael, Gerhard Fietz, Willi Hempel, Brigitte Meier-Denninghoff und Fritz Winter gründet er 1949 die Gruppe ZEN 49, welche bis 1957 besteht. Die erste ZEN 49-Ausstellung findet 1950 im Central Art Collecting Point in München statt. Als ersten öffentlichen Auftrag im Bereich Kunst am Bau gestaltet er 1951 die Fassade über dem Haupteingang des Münchner Hauptbahnhofs.

1952 entdeckt er die Serigrafie als „sein“ Druckverfahren und setzt zum ersten Mal Tagesleuchtfarbpigmente ein. Im Jahr darauf hat er seine erste Einzelausstellung in der Moderne Galerie Otto Stangl in München. 1954 zieht er mit seiner Familie nach Solln.

Nach seiner bis Mitte der 1950er-Jahre andauernden Arbeit mit Eitempera malt Geiger bis Mitte der 1960er-Jahre vorwiegend in Öl. Seine Arbeiten werden nun auch im Ausland, u. a. in den USA, gezeigt. Um 1960 entstehen erste, in sich modulierte Farbfelder. 1964 ist er Teilnehmer der 3. Documenta in Kassel.
1965 wird er Professor für Malerei an der Staatlichen Kunstakademie Düsseldorf. Er beginnt für zwei Jahrzehnte mit der Luftdruckspritzpistole zu arbeiten, wobei er ausschließlich Tagesleuchtfarbpigmente und Acryl als Bindemittel verwendet. In dieser Zeit deklariert er die „Farbe als geistiges Licht“. Bis zum Ende seiner Lehrtätigkeit 1976 beschränkt er sein Formenvokabular auf Rechteck, Kreis und Oval, um von der reinen Farbe nicht abzulenken.
1968 nimmt er an der 4. documenta teil. 1970 wird Geiger Mitglied der Berliner Akademie der Künste. 1971 entsteht das Werk Gerundetes Rot in der Apsis von St. Ludwig in Ibbenbüren.

1972 wird das von Monika Geiger erstellte Werkverzeichnis Druckgraphik 1948–1972 veröffentlicht. Vor dem Gebäude der Münchener Rückversicherungs-Gesellschaft in München wird die Skulptur Konkav gerundet errichtet.

Anlässlich der Einzelausstellung Element Rot 1975 im Museum Folkwang Essen konzipiert er den Farbraum Unisono Rot. 1976 nimmt er an der 6. documenta teil.1978 folgt eine erste Retrospektive in der Städtischen Galerie im Lenbachhaus in München. Im Jahr darauf wird er zum Ehrenmitglied der Staatlichen Kunstakademie Düsseldorf ernannt. An der Internationalen Sommerakademie in Salzburg erhält Geiger 1981 eine Professur für abstrakte Malerei. 1983 wird er Mitglied der Bayerischen Akademie der Schönen Künste in München.

Ab Mitte der 1980er-Jahre entwickelt Geiger eine neue Werkgruppe, formal-abstrakte Holzobjekte, die Metapherzahlen 0–9. Für seine Retrospektiven in Berlin, Ludwigshafen und Düsseldorf realisiert Geiger 1985 gemeinsam mit seinem Sohn Florian die begehbare Rauminstallation Rote Trombe. Mit dem Auftrag für vier großformatige Aluminiumobjekte für die Technische Universität beginnt 1986 eine Anzahl von Arbeiten im öffentlichen Raum in München, und er erhält eine Einzelausstellung im Seiji Togo-Kunstmuseum in Tokio.

Vor dem Gasteig wird 1987 in einem Gemeinschaftsprojekt mit Alf Lechner Geigers Objekt Gerundetes Blau im Dialog mit Lechners Objekt Stele aufgestellt. Anlässlich des 80. Geburtstags erhält er 1988 eine Retrospektive in der Staatsgalerie Moderner Kunst im Münchner Haus der Kunst.

In Taufkirchen an der Vils wird die begehbare Plastik Meditationsraum aufgestellt. Im Hôtel des Arts in Paris findet 1992 eine Einzelausstellung statt. Im Russischen Museum in St. Petersburg eröffnet 1994 eine Retrospektive Geigers, welche auch in Deutschland gezeigt wird. Ab Mitte der 1990er-Jahre beschäftigt er sich mit Collagen und entwirft u. a. ein Mosaik für eine U-Bahn-Station in Rom.

Anlässlich seines 90. Geburtstags findet die Ausstellung Rupprecht Geiger, Rot Gelb Blau im Kunstbau des Lenbachhauses statt. 1999 konzipiert er einen Fries für einen Raum im Berliner Reichstag. In der Heiliggeistkirche in Landshut zeigt Geiger 2000 zwei monumentale, beidseitig bemalte Fahnen in Gelb und Rot: Morgen Rot Abend Rot. Geiger vertritt Deutschland 2002 auf der XXV. Bienal de São Paulo in Brasilien. Er entwirft eine aus vier großformatigen Leinwänden bestehende Rauminstallation. Mit der Entwicklung der Collagen entsteht die Werkgruppe Geist und Materie. Es erscheinen die Verzeichnisse Werkverzeichnis 1942–2002, Gemälde und Objekte, Architekturbezogene Kunst und Werkverzeichnis der Druckgrafik 1948–2007.

Anlässlich seines 100. Geburtstags finden 2008 zahlreiche Ausstellungen und Retrospektiven statt, u. a. in der Städtischen Galerie im Lenbachhaus, in der Neuen Nationalgalerie, Berlin, und dem Museum für Gegenwartskunst in Siegen.

Am 6. Dezember 2009 stirbt Rupprecht Geiger in München. Geigers Nachlass wird vom Geiger Archiv verwaltet, welches seinen Sitz im ehemaligen Atelier in Solln hat.